В нормі домінуючими мікроорганізмами у жінок є лактобактерії (до 98%). Вони продукують молочну кислоту та перекис водню, що забезпечує кисле середовище та стримує розвиток патогенних мікроорганізмів. Решту мікрофлори становлять більше 30 видів — стафілококи, коринебактерії, кишкова паличка та інші. У невеликій кількості можуть бути виявлені гриби роду Кандіда. Коли число лактобацил зменшується, росте частка так званих умовно-патогенних мікробів (ті ж стафілокок, стрептокок, грибки та інші). Це буває при гормональних порушеннях, прийомі деяких ліків (антибіотики широкого спектру дії). Порушення нормальної мікрофлори сприяє розвитку запальних процесів сечостатевої системи, непліддя, викиднів та ускладнень вагітності, та проблем у післяпологововому періоді. Також аналізи на флору є ефективним методом первинної діагностики деяких захворювань, що передаються статевим шляхом (гонорея та хламідіоз, бактеріальний вагіноз – порушення складу нормофлори піхви).