Бактеріологічна лабораторія лабораторного відділення, розташована в окремій будівлі установи. Лабораторія досліджує на флору та чутливість до антибіотиків такий біологічний матеріал: сечу, харкотиння, мазки зіву та носа, гінекологічні мазки, простатичний сік, виділення вух, очей, ран, грудне молоко, мазки з під нігтьової пластини ніг та рук. Більшість досліджень припадає на сечу та гінекологічні мазки. Лабораторія працює згідно рекомендацій EUCAST, щодо визначення механізмів резистентності та специфічної резистентності, що має клінічне та/або епідеміологічне значення. Також в числі клінічних досліджень бактеріологічної лабораторії значну роль відіграють дослідження на дисбактеріоз. Діагностика дисбактеріозу здійснюється шляхом вивчення мікрофлори товстого кишківника. Основними критеріями оцінки мікробіоцинозу кішківника є такі групи мікроорганізмів: біфідобактерії, лактобактерії, ентеробактерії, ентерококи, стафілококи, аеробні бацили, гриби роду Кандіда.